وظیفه این سیستم، محاسبه حقوق پرسنل است. جهت محاسبه حقوق پرسنل، لازم است تا اطلاعات لازم از سیستم های پرسنلی، کارگزینی، حضور و غیاب، ارزیابی عملکرد، آموزش و رفاه به سیستم حقوق و دستمزد ارسال شود. در صورت استفاده از تمامی این سیستم ها در سیستم یکپارچه، تمامی این اطلاعات به صورت اتوماتیک به حقوق و دستمزد ارسال می شود. اما اگر هر یک از این سیستم ها، استفاده نشود، در بخش حقوق و دستمزد امکان ایمپورت از اکسل اطلاعات قرار داده شده است تا ورود اطلاعات به راحتی صورت پذیرد.
سیستم این قابلیت را دارد تا انواع قوانین بیمه ای (تامین اجتماعی، نیروهای مسلح، قوانین ويژه صندوق های بازنشستگی) را پیاده سازی و در محاسبات حقوق و دستمزد استفاده کند. همچنین امکان محاسبه معوق حقوق در هر دوره به تعداد نامتناهی وجود دارد.
فرآیند محاسبه حقوق به این صورت است که می توان در هر لحظه با دریافت آخرین اطلاعات از سایر سیستم ها، عملیات محاسبه حقوق را به صورت آزمایشی یا واقعی انجام داد. پس از انجام محاسبه حقوق، امکان ثبت پرداخت و دریافت خروجی با فرمت بانک مورد نظر وجود دارد. در این بخش، می توان تنظیم نمود بخشی از حقوق محاسبه شده پرداخت شود. مثلا یک درصد خاص یا بر اساس یک فرمول خاص (مثلا حقوق پرسنل منهای اضافه کار و...). بنابراین، این امکان وجود دارد که در هر دوره حقوقی، چندین پرداخت بانک انجام داد. همچنین این امکان وجود دارد که پرداخت حقوق برخی از پرسنل را از طریق صندوق انجام داد. در مرحله بعدی، سیستم خروجی های استاندارد مورد نیاز برای سازمان بیمه و سازمان مالیات را ایجاد و دراختیار کاربر قرار می دهد. این امکان وجود دارد که در یک دوره حقوقی، چندین خروجی بیمه (با شماره دیسکت متفاوت) و چندین خروجی مالیات تهیه نمود. به منظور رعایت استانداردهای خروجی مالیات، این امکان در بخش تشکیلات سازمانی قرار داده شده که با تعریف هر شغل، کد شغل متناظر مالیاتی آن هم معرفی شود. با دریافت خروجی های بیمه و مالیات، سوابق و فایل خروجی به صورت پیوست نگهداری شده و بعدا در دسترس کاربران است. در نهایت، امکان صدور سند اتوماتیک حسابداری از روی محاسبه حقوق وجود دارد.
در بخش دیگری از حقوق و دستمزد، امکان ثبت دریافت یا پرداخت موردی به پرسنل سازمان وجود دارد. این پرداخت ها می تواند به صورت گروهی یا انفرادی انجام شود. در هر پرداخت، می توان اقساط بازپرداخت و دوره حقوقی شروع بازپرداخت را نیز مشخص نمود. با هر بار محاسبه حقوق در هر دوره حقوقی، اقساط پرسنل به صورت اتوماتیک کسر و به عنوان کسورات در فیش حقوقی درج می شود.
شکل زیر، فرآیند محاسبه حقوق را در سیستم حقوق و دستمزد نمایش می دهد:
